Gegenüber dem Altar, auf der Empore, steht im alten Prospekt die 1993 neu gebaute Orgel der Firma Wünning aus dem Erzgebirge. Sie hat 28 Register und 1815 klingende Pfeifen. Ihr harmonischer und gut auf den Raum abgestimmter Klang erfreut Gottestdienstbesucher und Zuhörer der Pesterwitzer Konzerte gleichermaßen. Man sagt, besser als in der Frauenkirche sei ihr Klang. Mit ihrer hervoragenden Akustik macht sie Gottesdienste und Konzerte zu einem unvergesslichen Ereignis. Beidseitig der Orgel hängen Porträts der Pesterwizer Pfarrer Achatius Andreas Thomae (Amtszeit 1638- 84) und Johann Gottfried Thomae (Amtszeit 1684- 98). Diese sind Großvater und Vater des Dresdner Hofbildhauers und Mitgestalters des Dresdner Zwingers, Benjamin Thomae, der am 31.1.1682 in Pesterwitz geboren wurde.